两个人新注册公司股权分配的合理性应该根据具体情况而定，以下是一些常见的分配方式和参考因素：
投入资金的多少：如果两个人投入资金的数量不同，可以按照投入资金的比例来分配股权。比如，如果A投入100万元，B投入50万元，那么A可以拥有2/3的股份，B可以拥有1/3的股份。
技术和经营能力的贡献：如果两个人在公司中扮演不同的角色，可以根据各自的技术和经营能力来分配股权。比如，如果A是技术负责人，B是市场负责人，那么A可以拥有60%的股份，B可以拥有40%的股份。
未来贡献的预留：在分配股权时，应该考虑到未来合伙人的贡献，预留一部分股份。比如，可以将10%的股份留给未来合伙人。
风险和责任的承担：在合伙关系中，所有合伙人都要承担风险和责任。因此，在分配股权时，应该考虑到各自承担的风险和责任。比如，如果A承担了更多的风险和责任，那么可以给予更多的股份。
市场行情和行业惯例：在某些行业中，有一些行业惯例或市场行情可以作为参考。比如，在某些行业中，创始人通常会拥有相对较高的股份。
需要注意的是，股权分配方案应该在双方充分沟通、协商和理解的基础上制定，并且应该以书面形式记录下来。同时，在制定股权分配方案时，也应该考虑到未来可能出现的变化和风险，并留有相应的调整空间。
通常合伙的股权分配是按照出资比例，将100%的股权分割，出资一样的话就是均等分，不一样就是谁出的多，谁占的股份多。
公司股权分配采用平均分配。公司股权分配采用个人说了算。公司股权分配采用差异化分配股权。平均分配和个人独大这两种分配方式都不利于公司发展。股权分配一定要把握好一下几大原则：控股原则、互补原则、预留原则、激励原则、收放原则。
公司注册100万股东如何分配比例，这个最主要是股东之间协商的结果，当然是主要是按照出资额度来决定。
股东的持股分配方式一般是：
1、平均分配股权。这种大家股份相同，每个人的权利也相等，这种方式对公司的发展不怎么有利，因为当意见不同时，无法决定公司决策。
2、绝对控股，这种公司老板占股份的比例大，对公司前期发展有好处，公司的效率很高。
3、差异化分配股权，这种目前来说最优的，既有决策领导人，也有合作伙伴，容易保持企业良好前进方向。