由公司承担还款责任。在所有股东不知情的情况下，公司法人代表以公司名义向个人借款，由于公司法定代表人的行为代表公司 ，因此，这种情况应当由公司承担还款责任。
法定代表人的行为未经股东会议通过，公司偿还借款后，可以向股东可以向法定代表人追偿。根据《公司法》第三条 公司是企业法人，有独立的法人财产，享有法人财产权。公司以其全部财产对公司的债务承担责任。
有限责任公司的股东以其认缴的出资额为限对公司承担责任；股份有限公司的股东以其认购的股份为限对公司承担责任。扩展资料根据《公司法》第二十条 公司股东应当遵守法律、行政法规和公司章程，依法行使股东权利，不得滥用股东权利损害公司或者其他股东的利益；不得滥用公司法人独立地位和股东有限责任损害公司债权人的利益。
公司股东滥用股东权利给公司或者其他股东造成损失的，应当依法承担赔偿责任。公司股东滥用公司法人独立地位和股东有限责任，逃避债务，严重损害公司债权人利益的，应当对公司债务承担连带责任。