可以的。
农家院可以注册为多种组织形式，可以注册为有限公司、个人独资企业、合伙企业、个体户等等
农家院土地使用证如何进行办理
申请
1、由农村村民个人向所属乡镇国土***管理所提出申请，领取土地登记申请审批表。
2、提交个人***或农村居民户口簿复印件一份。
3、土地权属材料(82年5月14日以前，提交村、队权属来源证明书;82年5月14日以后，提交农村建房使用证;***年4月以后提交农村建房申请书、农村建设用地批准书等)
去土地管理局举报，使用耕地用来搞建筑。
在耕地土地上建筑要需要土地使用证，和施工证的。没有就是违法建筑。会通知他十日自行拆除。如不执行将有土地管理部门强制执行费用有违建者出。