公司是法人机构，因需要对外经营，所以是必须在工商行政管理局注册登记并按规定年审，公司下设的分公司虽然不是独立法人，但是在总公司的授权范围内对外经营，同样也需要注册；而研究院属于公司内部的设立部门或板块，一般其职能为调查研究与公司业务相关的政策，市场行情及变化趋势，为公司的经营决策提供依据，因此是不需要注册的。
研究院有几种形式，不管什么形式都不是公司，公司是有限公司结尾的。 个人独资企业、普通合伙企业的研究院不需要注册资金，所以不体现资金。 集体所有制的研究院需要最低3万注册资金，注册多少显示多少。
注册研究院和有限公司的主要区别在于它们的组织形式和运营目的。
1. 组织形式：有限公司是一种法律实体，可以由一个或多个自然人或法人共同组成，并以盈利为目的进行商业活动。而研究院通常是一个非营利性组织，由科研机构、高等院校或企业等单位设立。
2. 运营目的：有限公司是为了追求利润最大化，经营经济活动并为所有者提供回报。研究院的主要目的是开展科学研究、技术开发、创新等工作，推动相关领域的进步和发展。
3. 管理机构：有限公司设有董事会、监事会、经理等管理机构，负责公司的决策和运营。研究院通常有一个院长和研究团队，根据研究方向和项目需求进行组织和管理。
4. 注册要求：有限公司的注册要求通常包括注册资本、股东身份、公司名称等，需要依法注册，并承担相应的法律责任。研究院的注册要求因地区和设立单位不同而有所不同，但通常需要经过相关部门的批准和登记。
总而言之，有限公司主要是为了盈利经营，而研究院则致力于科学研究和技术发展。
注册研究院和有限公司是两种不同的组织形式。
1. 研究院：研究院通常是一种独立的研究机构，旨在进行科学研究和开展技术创新。研究院可以是公立或私立机构，通常由***、大学、企业或非盈利组织设立和管理。研究院的目标是开展基础研究、应用研究或产业研究，为各方面的创新提供支持。
2. 有限公司：有限公司是一种以盈利为目的的企业形式，通常由一群股东组成。有限公司有法律上的独立性，在经营过程中享有法人地位。有限公司可以是私人有限公司或公众有限公司，前者股东人数有限，后者则可以公开发行股票并拥有更多的股东。
因此，注册研究院和有限公司的区别主要在于它们的组织目的和管理方式。研究院主要从事科学研究和技术创新，旨在推动创新和发展，而有限公司则以盈利为目的，追求企业经营的稳定和利润的最大化。
1、宣传效果：
研究院是以院为结尾的，研究院有限公司是以有限公司结尾的，从宣传效果上研究院的宣传效益是远远大于研究院有限公司的。
1、市场保值于占有份额：
研究院属于停办行业，研究院有限公司目前仍可以新注册，所以在保值率上研究院占据很大优势，在市场份额上研究院也比研究院有限公司要少跟多。
2、股东数量：
研究院有限公司可以容纳多个股东，而研究院大多数只能有一位股东，少部分可以容纳多位股东。
3、股东性质：
研究院有限公司可以用其它公司作为股东，而研究院大多数只能自然人做为股东，少部分可以以公司作为股东。
4、风险承担：研究院有限公司承担有限责任，研究院大多数是承担无限责任，少部分是承担有限责任。
6、市场价格：研究院有限公司在价格上比同行业的研究院要优惠不少。